A Duna-Dráva Nemzeti Park mellett az igazgatóság működési területén 5 tájvédelmi körzet és 19 természetvédelmi terület található, a nemzeti park teljes területét lefedi a Mura-Dráva-Duna Bioszféra Rezervátum. A nemzeti park jellegzetes természeti értékei szorosan kötődnek a vizes élőhelyekhez, amelyek olyan különleges fajoknak nyújtanak otthont, mint a drávai tegzes, a magyar színjátszó lepke, a szávai vízicsiga, a magyar és német bucó, a leánykoncér, vagy a dunai ingola. A térségben található hazánk legerősebb rétisas és fekete gólya állománya, a szakadó partok pedig az üregben fészkelő madaraknak, partifecskéknek, gyurgyalagoknak, szalakótáknak biztosítanak ideális élőhelyet.

A nemzeti park egész évben színes programokat kínál az ide érkezőknek. Szakvezetéses túráiknak köszönhetően megismerhetjük a térség egyedülálló élővilágát. A látogatók körében népszerű a kenutúra, amelynek köszönhetően a Gemenci erdőben található vadregényes Vén-Duna ígér maradandó élményt, vagy a lappantyúk nyomában járva a Barcsi borókásban az éjszakai erdő hangulatának megismerésére is lehetőség nyílik. A látogatókat ezen kívül 10 darab, letölthető vezetőfüzettel végigjárható e-tanösvény is várja.